少年三国志军团副本可以重复挑战，但存在每日重置与次数限制，且章节首通奖励仅能领取一次。
军团副本每日10点至24点开放，进度在每日24点重置，未通关的章节关卡会恢复初始状态，成员次日可重新挑战同一章节。玩家每日拥有固定挑战次数，初始为3次，每2小时恢复1次，上限5次，次数耗尽后可通过元宝购买，贵族等级越高可购买次数越多。每次挑战无论胜负，均可获得军团贡献，伤害越高贡献越多，同时有概率掉落精炼石、天命石、觉醒丹等资源。
副本章节随军团等级提升逐步解锁，每章含4个关卡，对应魏、蜀、吴、群四大阵营，关卡被特定阵营克制，玩家需匹配阵容以打出高额伤害。章节需通关前一章且满足军团等级条件方可开启，已通关章节次日重置后可重复挑战，但章节首通奖励仅历史首次通关时可领取，更换军团也无法重复获取。每通关一个关卡，军团可获得经验，成员可领取随机奖励，最后击杀关卡守关人的玩家可获得额外元宝奖励。
军团长可设定每日攻打目标副本，设定次日生效，合理规划挑战顺序能提升通关效率。每日挑战结束后，系统会根据伤害排名发放额外奖励，全服前30名玩家可获得丰厚军团贡献，鼓励成员全力输出。军团副本是军团经验的核心来源，通关章节越多，军团等级提升越快，进而解锁军团商店更多道具与军团技能加成。
