在二战期间，伊400级潜水航母作为日本海军独特的秘密武器，其设计理念和作战方式在游戏中还原时需要重点考虑其隐蔽性与突袭能力。这种潜艇航母结合了潜艇的潜航特性与航母的空中打击能力，玩家在操作时应充分利用其双壳艇体结构和可折叠机库，确保在敌方雷达探测范围外完成舰载机的部署。由于伊400级搭载的晴岚水上飞机具备快速组装和弹射能力，实战中需优先规划起飞流程，避免因操作延误暴露位置。
伊400级的防御核心在于其隐蔽性而非正面交锋能力。游戏中应避免与敌方主力舰队直接对抗，转而依靠潜航状态下的机动性规避追踪。该潜艇配备的140毫米甲板炮和25毫米防空炮仅作为最后防线使用，玩家需合理分配资源升级雷达干扰设备，以应对敌方反潜巡逻机的搜索。晴岚飞机在执行任务后可抛弃浮筒提升航程，但这一操作会牺牲回收能力，需根据战局权衡使用。
由于伊400级的机库容量有限，仅能搭载三架舰载机，玩家必须精准选择攻击目标。优先破坏敌方补给线或关键设施比参与大规模海战更具战略价值。游戏中可模拟历史作战计划，例如利用潜艇的长续航能力绕至敌方后方，对港口或运河实施突袭。这种战术要求玩家提前侦察航线上的反潜力量分布，并制定多套应急方案以应对突发状况。
团队协作是发挥伊400级战力的关键。在多人模式下，可与其他潜艇或侦察单位配合，形成情报共享网络。例如由小型潜艇标记敌方舰队位置，再由伊400级在安全距离外发起空中打击。若遭遇敌方航母编队，务必保持潜航深度，利用水下机动性脱离交战区域。游戏内可自定义的涂装系统可用于迷惑敌方，但需注意过频繁的伪装可能引发系统判定风险。
游戏中长时间潜航会导致艇内氧气和电力消耗加剧，玩家需定期上浮补充资源或利用地图中的隐蔽补给点。升级通气管装置可延长潜航时间，但会小幅增加被雷达发现的概率。通过合理分配艇员技能点，可优化舰载机整备效率或鱼雷装填速度，从而在复杂战场环境中维持持续作战能力。
