超神学院手游中的主要资源包括金币、主角经验、伙伴经验、超核能量、钻石、体力、伙伴碎片、符文增幅器、强化合金、进阶晶体和潜力丹等，它们分别通过特定的游戏内活动与玩法产出。
游戏内的通用货币是钻石，它用途广泛但相对稀缺，主要的稳定获取途径包括参与天梯竞技场和格斗场后根据排名结算奖励，完成入学手册任务，开启副本宝箱、圣物遗迹宝箱，以及积极参与游戏推出的各类限时活动。金币则主要用于武器强化，你可以通过挑战专门的金币试炼副本、在家园系统中进行收获、完成各种副本以及使用聚宝盆功能来积累。
角色培养所需的经验资源分为主角经验和伙伴经验。提升你的战队等级需要主角经验，这可以通过完成学院拉练、刷普通与精英副本以及领取日常活跃度宝箱来获得。而提升伙伴等级则需要伙伴经验，其来源包括经验试炼、副本战斗、天梯竞技场挑战以及完成赏金任务。用于提升伙伴天赋等级的超核能量，则主要通过能量试炼、游戏内的奇遇事件以及每日限购途径获取。
伙伴的获取与养成离不开伙伴碎片，这是合成新伙伴和对已有伙伴进行升星的关键材料。精英副本是产出碎片的重要地点，此外完成主线任务、在各类商店中兑换以及通过招生系统也有机会获得。装备强化则需要强化合金和进阶晶体，合金可以通过文明之战、竞技商店和每日限购获取，而进阶晶体则主要产出于精英副本。提升伙伴潜力的潜力丹，其来源同样是精英副本、每日限购和竞技商店。用于提升符文等级的符文增幅器，则产自于符文圣地、赏金大厅以及每日限购。
体力是参与几乎所有副本和试炼活动的必备消耗资源，必须合理规划其获取与使用。体力的基础获取方式是随时间自然恢复，不过效率较低。每天在固定时间段内寻找特定的NPC萨拉雷可以免费补充一次，这是稳定的免费来源。你也可以直接使用钻石购买体力来快速补满，非VIP用户每日购买次数有限制。VIP用户享有额外特权，可以寻找特定的VIP商人宿管老师来补充体力。在竞技场中取得较高的排名也能获得作为奖励的活力药水，使用后可恢复一定体力。在体力分配上，建议优先用于能稳定产出经验和装备的副本挑战，对于消耗体力大且收益波动较大的排位赛，则需根据自身资源情况谨慎选择。
