保卫萝卜2第39关的难点首先体现在其任务目标的多元与冲突上。这一关不仅要求玩家成功抵御所有波次的怪物攻击，保护萝卜不被咬到，还设定了三项额外的挑战任务：必须使用特定炮塔瓶子炮击败150个怪物，同时还需使用冰锥炮塔击败高达220个怪物，关卡中隐藏了大量道具，玩家需要在开局后极短的240秒内将它们全部找出。这三个任务本身各自都有不小的难度，尤其是用攻击力偏弱的冰锥完成大量击杀，而将它们叠加在同一局游戏内完成，对玩家的全局规划、资源分配和临场应变能力构成了第一重严峻考验。玩家无法采用单一强力的通关阵容，必须为了完成任务而使用指定炮塔，这直接限制了战术的自由度。
难点之二在于炮塔的选择与阵容构建的复杂性。为了同时满足瓶子炮和冰锥的杀敌任务，并确保防线稳固，玩家不能随心所欲地建造自己最擅长的顶级输出塔。早期的资源必须精打细算，需要优先在关键路径上部署瓶子炮和冰锥，并尽快将它们升级，以积累任务计数。这两种炮塔在游戏后期的输出能力面对成群的高血量怪物时显得力不从心，因此玩家必须在阵容中巧妙融入其他具有范围伤害或高单点伤害的炮塔进行辅助，例如太阳花、多重箭或魔法球等。如何在不影响任务进度的前提下，搭配出能平稳过渡到后期的防御体系，并处理好减速控制（如月亮、雪球）与火力覆盖的关系，是通关的核心策略所在。
关卡的怪物波次设计与地形因素进一步增加了难度。特别是最后一波，会涌现出大量的BOSS级别怪物，对瞬间爆发火力要求极高。地图中的障碍物布局也较为复杂，隐藏道具众多，快速清理它们以获得额外炮塔和金币，本身就会分散前期的火力，延缓防御塔的成型速度。如果清理节奏过慢，又会错过寻找隐藏炮塔的时间限制。玩家需要在开局就制定好清理障碍物的顺序，并确保在清理过程中防线不被早期怪物突破，这种多线操作的压力很大。
经济管理与战术转换的时机是另一个隐藏难点。由于任务要求使用后期相对乏力的炮塔，玩家前期投入大量金币升级瓶子炮和冰锥，可能会导致中期的经济紧张和火力真空期。攻略中强调需要在后期保留至少2500金币以应对终极BOSS波，这意味着玩家在经济分配上必须极具前瞻性，不能将所有资金都用于升级前期塔。更进阶的技巧还涉及到卖塔，即在任务计数接近完成时，卖掉部分已完成任务的炮塔，回收资金来建造更强大的后期防御塔，以应对最终的压力。这种动态的阵容调整对节奏把握要求非常精准，过早或过晚都会导致崩盘。
玩家需要在有限的地图格子上，用受限制的炮塔类型，平衡好短期任务（寻找隐藏道具、用特定塔杀怪）与长期生存（应对最终BOSS波）之间的矛盾，并精准控制经济流向和阵容转型节点。任何一环的决策失误，都可能导致任务失败或萝卜被咬，这种需要全程精密算计的挑战性，正是此关让许多玩家反复尝试的原因所在。
